เพื่อ จำกัด การนำ SARS-CoV-2 ซึ่งเป็นไวรัสที่ก่อให้เกิดโรคโคโรนาไวรัส 2019 (COVID-19) สหรัฐอเมริกา จำกัด การเดินทางจากจีนในวันที่ 2 กุมภาพันธ์ 2020 และจากยุโรปในวันที่ 13 มีนาคมเพื่อตรวจสอบว่ามีการแพร่กระจายของโรคซาร์สในท้องถิ่นหรือไม่ -CoV-2 สามารถตรวจพบได้กรมอนามัยและสุขอนามัยจิต (DOHMH) ของนิวยอร์กซิตี้ (NYC) ได้ดำเนินการเฝ้าระวังยามรักษาการณ์ที่ไม่ระบุตัวตนที่แผนกฉุกเฉินของโรงพยาบาล NYC 6 แห่งระหว่างวันที่ 1–20 มีนาคม เมื่อวันที่ 8 มีนาคมในขณะที่การทดสอบความพร้อมใช้งานสำหรับ SARS-CoV-2 ยังมีข้อ จำกัด DOHMH ได้ประกาศการส่ง SARS-CoV-2 (1) ในชุมชนอย่างต่อเนื่อง ในเวลานี้ชาว NYC จำนวนยี่สิบหกคนได้รับการยืนยัน COVID-19 และการเข้ารับการตรวจ ED สำหรับผู้ป่วยคล้ายไข้หวัดใหญ่ * เพิ่มขึ้นแม้ว่าการไหลเวียนของไวรัสไข้หวัดใหญ่จะลดลงก็ตาม†สัปดาห์ต่อมาในวันที่ 15 มีนาคมมีเพียง 7 ใน 56 (13% ) ผู้ป่วยที่มีประวัติการสัมผัสที่ทราบว่ามีการสัมผัสนอก NYC ระดับของสถานะการแพร่เชื้อ SARS-CoV-2 ในชุมชนได้รับการยกระดับจากการแพร่เชื้อในชุมชนแบบยั่งยืนไปสู่การแพร่เชื้อในชุมชนอย่างกว้างขวาง (2) จากการเฝ้าระวังระหว่างวันที่ 1–20 มีนาคม DOHMH ได้รวบรวมตัวอย่าง 544 ตัวอย่างจากผู้ป่วยที่มีอาการคล้ายไข้หวัดใหญ่ (ILS) §ซึ่งมีผลการตรวจเป็นลบสำหรับไข้หวัดใหญ่และในบางกรณีเชื้อโรคทางเดินหายใจอื่น ๆ ทั้งหมด 544 ตัวอย่างได้รับการทดสอบโรคซาร์ส - CoV-2 ที่ CDC; 36 (6.6%) ทดสอบเป็นบวก จากการใช้การจัดลำดับทางพันธุกรรม CDC ระบุว่าลำดับของตัวอย่าง SARS-CoV-2 ที่เป็นบวกส่วนใหญ่มีลักษณะคล้ายกับที่แพร่กระจายอยู่ในยุโรปซึ่งบ่งบอกถึงการแนะนำ SARS-CoV-2 จากยุโรปจากสถานที่อื่น ๆ ในสหรัฐอเมริกาและการแนะนำในท้องถิ่นจากภายในนิวยอร์ก การค้นพบนี้แสดงให้เห็นว่าการร่วมมือกับสถานพยาบาลและการพัฒนาระบบที่จำเป็นสำหรับการดำเนินการอย่างรวดเร็วของการเฝ้าระวังแมวมองควบคู่ไปกับความสามารถในการจัดลำดับพันธุกรรมก่อนการระบาดสามารถช่วยให้ทราบถึงกลยุทธ์การกักกันและการบรรเทาที่ทันท่วงที
DOHMH ได้รวบรวมตัวอย่างไม้กวาดโพรงจมูกที่ยังไม่ได้ระบุชื่อจากผู้ป่วยที่มี ILS และไม่มีการวินิจฉัยทางไวรัสที่เป็นที่รู้จักซึ่งประเมินที่ Sentinel ED จำนวน 6 ตัวในระหว่างวันที่ 1-20 มีนาคม 2020 เนื่องจากมีความกังวลว่า SARS-CoV-2 อาจได้รับการแนะนำโดยนักเดินทางที่เดินทางกลับจากจีน การระบาดเกิดขึ้นโดยมีการเลือก ED จำนวน 5 เครื่องเนื่องจากผู้ป่วยที่อาศัยอยู่ในรหัสไปรษณีย์ที่มีผู้พูดภาษาจีนระบุตัวเองได้≥ 20% ** ED สองแห่งอยู่ในแมนฮัตตัน 2 แห่งในควีนส์ 1 แห่งในบรุกลินและอีก 1 แห่งในบรองซ์ ตัวอย่างที่แช่เย็นถูกปล่อยสู่ DOHMH 48 ชั่วโมงหลังการเก็บและปล่อยตัวอย่างแช่แข็ง 1 สัปดาห์หลังการเก็บ ตัวอย่างที่เก็บในระหว่างวันที่ 1–9 มีนาคมได้จากผู้ป่วยทุกช่วงอายุ เนื่องจากไม่ค่อยมีใครทราบเกี่ยวกับการติดเชื้อซาร์ส - โควี -2 ในเด็กในระหว่างวันที่ 10–20 มีนาคม DOHMH จะเก็บตัวอย่างจากผู้ป่วยที่มีอายุน้อยกว่า 18 ปีเท่านั้น
ตัวอย่างถูกส่งไปยัง CDC เมื่อวันที่ 23 มีนาคม 2020 สำหรับการทดสอบ SARS-CoV-2 โดยใช้การทดสอบปฏิกิริยาลูกโซ่การถอดความย้อนกลับแบบเรียลไทม์ 2019-nCoV (RT-PCR) 2019-nCoV เพื่ออนุรักษ์ทรัพยากรสระว่ายน้ำที่มีตัวอย่างมากถึงห้าตัวอย่างได้รับการทดสอบด้วยกันและทดสอบแต่ละตัวอย่างภายในสระว่ายน้ำที่เป็นบวกหรือสรุปไม่ได้ จากนั้นนำกรดนิวคลีอิกจากตัวอย่าง RT-PCR-positive มาสกัดและอยู่ภายใต้การจัดลำดับ Oxford Nanopore MinION และสร้างลำดับจีโนมแบบเต็มโดยใช้วิธีการที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (3) ความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการถูกอนุมานโดยใช้ Nextstrain ไปป์ไลน์ (4) ซึ่งรวมถึงตัวอย่าง Sentinel SARS-CoV-2 ที่เป็นบวก 36 ตัวและลำดับจีโนมแบบเต็มที่เลือกซึ่งมีให้ ณ วันที่ 1 เมษายน 2020 จาก Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) (5 ). โครงการนี้กำหนดโดย DOHMH และ CDC เพื่อเป็นการเฝ้าระวังด้านสาธารณสุขที่ไม่ได้วิจัย ดังนั้นจึงไม่จำเป็นต้องได้รับการอนุมัติจากคณะกรรมการตรวจสอบสถาบันของหน่วยงาน
ด้วยความพร้อมในการทดสอบที่ จำกัด และเพื่อให้เข้าใจถึงความชุกของการติดเชื้อ SARS-CoV-2 ในกรณีที่ไม่มีข้อมูลความชุกของประชากร NYC DOHMH ได้คำนวณจำนวนผู้ติดเชื้อ SARS-CoV-2 ที่ตรวจไม่พบในประชากรเป้าหมาย DOHMH ประมาณประชากรเป้าหมายรายสัปดาห์ซึ่งหมายถึงบุคคลที่ได้รับการประเมินที่ NYC ED ที่มี ILS ซึ่งมีผลการทดสอบเชิงลบสำหรับไข้หวัดใหญ่ (และในบางกรณีสำหรับเชื้อโรคทางเดินหายใจอื่น ๆ ) จำนวนการเยี่ยมชม ED สำหรับ ILS ได้มาโดยใช้ข้อมูลการเฝ้าระวังโรค ED และรวบรวมข้อมูลรายสัปดาห์ทั่วเมืองและโดย Sentinel ED Sentinel ED แต่ละคนให้ DOHMH ปริมาณและผลการทดสอบไข้หวัดใหญ่ทุกสัปดาห์ ประมาณความชุก SARS-CoV-2 ของประชากรเป้าหมายคำนวณโดยใช้เครื่องมือวัดความชุกที่แท้จริงโดยประมาณโดยสมมติว่ามีความไวในการทดสอบ 85% (ช่วง = 75% –95%) และความจำเพาะ 99% ของการทดสอบ SARS-CoV-2 RT-PCR ; วิเคราะห์ผลลัพธ์โดยใช้ซอฟต์แวร์ทางสถิติ R (เวอร์ชัน 3.6.3; The R Foundation)
ระหว่างวันที่ 1–20 มีนาคมมีการเก็บตัวอย่าง 544 ตัวอย่างจาก Sentinel ED ทั้ง 6 ตัว (ตาราง) ตัวอย่างสามสิบหก (6.6%) เป็นบวกสำหรับ SARS-CoV-2 รวมถึง 22 (5.2%) ในผู้ป่วย 425 รายทุกช่วงอายุและ 14 (11.8%) ในผู้ป่วย 119 รายที่มีอายุต่ำกว่า 18 ปี ในบรรดาตัวอย่าง SARS-CoV-2- บวก 36 ตัวอย่าง 32 ตัว (89